Il salvataggio manuale in Alan Wake 2 è legato a zone sicure, ovvero stanze illuminate con thermos di caffè al loro interno. Non è possibile salvare manualmente al di fuori di questi luoghi, anche se ci sono salvataggi automatici periodici che si attivano in determinati momenti, di solito appena prima o dopo i combattimenti con i boss o altri eventi importanti.
Nel gioco sono presenti un totale di tre slot di salvataggio: se li hai tutti riempiti e vuoi un quarto indicatore dei tuoi progressi dovrai sovrascriverne uno, poiché tre è il limite, anche se ci sono anche due slot per i salvataggi rapidi che vengono sovrascritti automaticamente.
I punti di salvataggio e le zone sicure sono contrassegnati sulla mappa quando li trovi e alcuni devono essere attivati: ad esempio, una cabina in un’area pericolosa potrebbe non essere una zona sicura in cui puoi salvare, finché non trovi un generatore nelle vicinanze e lo attivi, accendendo le luci.